Am 8. März 1944 verschied Ernst Mally in Schwanberg, wohin er, infolge eines durch den Frontdienst im ersten Weltkrieg verursachten Leidens fast gelähmt, vor den Bombenangriffen des zweiten geflüchtet war. In tiefer Einsamkeit hat er bis zuletzt an der Schaffung der Grundlagen einer Logik gearbeitet, die den ersten Teil eines dreibändigen Werkes, einer Philosophie der Natürlichen Weltauffassung, bilden sollte. Seinen literarischen Nachlaß hat Mally in seinem Letzten Willen in das Eigentum von Frau Universitäts-Dozent Dr. Martha Sobotka gegeben, "weil sie an meinem geistigen Leben und Werk in entscheidenden Jahren wesentlich teilgenommen hat".